La diosa de la oscuridad Medusa es responsable de numerosos horrores contra la humanidad. Ahora, 25 años después de ser derrotada por Pit, Medusa ha vuelto de forma misteriosa y dirige a sus infernales tropas en una invasión en toda regla por tierra y aire.

En su camino se las tendrá que ver con Palutena, una vieja conocida, y con su siervo Pit, un ángel que no puede volar.

Afortunadamente, Palutena puede otorgar a Pit la capacidad de volar por unos momentos. Aunque nuestro ángel parece muy joven, no repara en esfuerzos para proteger la humanidad. Con la ayuda de Palutena para volar, Pit está dispuesto a surcar los aires y descender en picado para cumplir su cometido.